הסדרה אוטונומיוֹת תציג מציאות חלופית שבה ישראל קרועה ומפולגת בין מדינת ישראל החילונית שבירתה תל-אביב לבין האוטונומיה החרדית בירושלים שמתנהלת לפי חוקי ההלכה.
בלב הסערה נמצא בְּרוֹידֶא (אסי כהן), שמתפרנס מהברחות קטנות ואסורות בין המדינה החילונית והאוטונומיה החרדית, מקבל הצעת עבודה שתשנה את חייו: לחטוף ילדה קטנה עליה מתנהל מאבק משפטי בין שתי משפחות – חרדית וחילונית. מבין השברים והקרע עולים אהבה גדולה וגעגועים הביתה.
אסי כהן, כוכב "ארץ נהדרת", שיחק בסדרות "אהבה זה כואב", "מסודרים", "הפרלמנט", "חטופים" ו"צומת מילר". הוא גם השתתף בסרטי קולנוע: "אהבה קולומביאנית", "הלב הרעב" ו"זוהי סדום".
לצידו של אסי תופיע גם רותם סלע שפירסמה השבוע תמונה בדמותה מתוך הצילומים.
גם דניאלה קרטס בת ה-28 ששיחקה בסדרות טלוויזיה שונות בארץ כמו "משמורת", "מסכים", לאהוב את אנה" וה"הצורף", לצד אדיר מילר ובשנים האחרונות עושה חיל בהוליווד (מלחמת העולם Z לצד בראד פיט) מצטרפת לסדרה ותגלם את דמותה של אנה, מוזיקאית תל-אביבית עם שאר רוח ושלדים בארון.
ליהוק נוסף ל"אוטונומיות" היא דאנה איבגי שמוכרת לנו מהסדרה כמו "הבורר" ומסרטים כמו "אפס ביחסי אנוש" "הסודות" ו"את לי לילה".
יוצרי הסדרה "אוטונומיות" הם אורי אלון ויהונתן אינדורסקי, שגם יביים את הסדרה.